Angst und Schrecken machen sich breit, doch zum Glück zeigt sich auch diesmal die detektivische Ader der Fünf. Auf der Jagd nach dem Geist erfasst sie ein Laserstrahl und beamt sie direkt in den ersten Level. Um wieder in die Realität zu gelangen, müssen die Freunde erst alle zehn Level durchspielen und auf jeder Stufe die Scooby-Snack-Box finden. Dabei reisen sie von der prähistorischen Vergangenheit bis ins Weltraum-Zeitalter der Zukunft. Mit steigendem Level werden die Gefahren, denen die Fünf ausgesetzt sind, immer größer; sie treffen auf Dinosaurier, skurrile Gestalten ihrer berühmtesten, vergangenen Fälle, ihre fiktiven Computerspiel-Doubles und immer wieder auf das Phantom. Wird die Bande dem virtuellen Gefängnis entkommen und den Verursacher des Virus ausfindig machen können?