In Coolsville wird die berühmte 'Mystery Inc.', der auch Scooby-Doo angehört mit einer Ausstellung im Coolsonian-Museum geehrt, wo auch die Kostüme ihrer ärgsten Widersacher gezeigt werden. Doch ein Maskierter macht sich daran, die Masken selbst zum Leben zu erwecken und für seine Zwecke auszunutzen. Viel Arbeit für Scooby und Co, doch jeder der vier hat eigene Probleme: Fred (Freddie Prinze Jr.) überkommen Selbstzweifel, Daphne (Sarah Michelle Gellar) will sich mehr selbstverwirklichen und Velma (Linda Cardellini) möchte dann doch mal ihre weibliche Seite betonen und schmeißt sich an den seltsamen Museumskurator Patrick Wisely (Seth Green) heran, während die Reporterin Heather (Alicia Silverstone) Fred becirct.