Seit 'Godzilla' 1954 Tokio das erste Mal zerstörte, wurde die Stadt immer wieder von grausamen Riesenmonstern angegriffen. Aus diesem Grund wurde die Spezialeinheit namens 'AMMT', die 'Anti-Mega-Monster-Troop', ins Leben gerufen. Doch als Godzilla 1999 plötzlich auftaucht haben die Soldaten der AMMT trotz ihrer zerstörerischen Waffen keine Chance gegen das Monster. Jetzt, vier Jahre später, hat die Regierung endlich eine neue Geheimwaffe fertig gestellt: Mechagodzilla. Das neue Ungetüm, komplett aus Stahl, hat viele neue Waffen im Handgepäck und soll Godzilla nun richtig einheizen. Der finale Kampf beginnt: Godzilla gegen Mechagodzilla...
Ein Mythos der Filmgeschichte geht zu Ende. Mit den Millennium-Godzillas ist das letzte Kapitel der Leinwandlegende endlich auf DVD gebannt. In Masaaki Tezukas Sequel 'Godzilla against Mechagodzilla' (2002) kommt es zur Geburtsstunde von Mechagodzilla, dem ultimativem Schutzmonster der Menschen.