Admiral Kirks (William Shatner) Sieg über Khan und die Erschaffung des Planeten 'Genesis' sind teuer erkauft: Spock (Leonard Nimoy) ist tot und McCoy (DeForest Kelley) offensichtlich verrückt geworden. Der unerwartete Besuch von Sarek (Mark Lenard), Spocks Vater, liefert eine überraschende Offenbarung: Spocks Lebensessenz ist in McCoys Körper übergegangen. Um seinen Freunden zu helfen, stiehlt Kirk die 'U.S.S. Enterprise' und missachtet die Sternenflotten-Quarantäne für 'Genesis'. Doch die Klingonen haben das Geheimnis von 'Genesis' entdeckt und sind auf dem Weg zu einem tödlichen Rendevous mit Kirk.