Nach einem historischen Jugendroman von Antonin Domański aus dem Jahr 1917 (polnisch 'Historia zóltej cizemki') spielt 'Die Geschichte vom Saffianschuh' in Polen, in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts. Der Waisenjunge Wawrzek (Marek Kondrat) muss bei einem Bauern Kühe hüten, um sich seinen Lebensunterhalt zu verdienen. Viel lieber schnitzt er mit großem Geschick wunderschöne Tiere aus Holz. Als eines Tages Gaukler durchs Dorf ziehen, schließt er sich ihnen an, um mit ihnen nach Krakau zu ziehen, denn dort soll es eine große Holzschnitzerwerkstatt geben. Unterwegs stellt Wawrzek einen Kirchendieb. Es ist der Schwarze Rafal (Andrzej Szczepkowski), der dem Jungen dafür Rache schwört. In Krakau angekommen, findet Wawrzek die Werkstatt des Altarschnitzers Veit Stoß. Als der Meister das Talent des Jungen erkennt, nimmt er ihn in die Lehre. Wawrzek darf am Marienaltar zu Krakau mitarbeiten und bekommt vom König als Belohnung für seinen Fleiß ein Paar Schuhe aus kostbarem goldenem Saffianleder. Doch er entdeckt auch den geflohenen Schwarzen Rafal, der auf Rache sinnt.