Der junge Wissenschaftler Milo Thatch (mit der deutschen Stimme von Stefan Kampwirth) ist davon überzeugt: Die geheimnisvolle, versunkene Stadt 'Atlantis' ist nicht bloß eine Legende, sie existiert wirklich. Auch wenn ihn alle für verrückt halten, taucht er ein in die Tiefen des Meeres, um dem Geheimnis von Atlantis auf die Spur zu kommen. Mit einer bunt gemischten Crew aus schrägen Typen, verlässlichen Experten und vermeintlichen Freunden begibt er sich auf eine gigantische U-Boot-Expedition. Bei dieser waghalsigen Mission entdecken sie, was niemand jemals zuvor geahnt hat: Atlantis lebt. Tief unter dem Meer konnte sich unter Führung des atlantischen Königs Kashekim Nedakh (Hans Teuscher) und seiner Tochter, Prinzessin Kida (Maria Schrader), ein Teil der atemberaubenden Kultur erhalten. Doch Atlantis schwebt in Gefahr. Werden Milo und Kida Atlantis vor dem endgültigen Untergang bewahren können?