In 'X-Men 3 - Der letzte Widerstand', dem Höhepunkt der X-Men-Filmtrilogie, droht ein 'Heilmittel' gegen Mutationen den Lauf der Geschichte für immer zu verändern. Zum ersten Mal haben Mutanten nun die Wahl: Entweder sie entscheiden sich dafür, ihre Einzigartigkeit zu bewahren und so ein isoliertes und von der Welt entfremdetes Leben zu führen, oder sie geben ihre Kräfte auf, um von der Gesellschaft akzeptiert zu werden. Die unterschiedlichen Standpunkte der Mutantenanführer Charles Xavier alias 'Professor X' (Patrick Stewart), der an das Gute im Individuum glaubt, und Eric Lehnsherr aka 'Magneto' (Ian McKellen), der ganz im Sinne Darwins davon überzeugt ist, dass sich die stärkere Rasse durchsetzen wird, werden auf eine ultimative Probe gestellt. Der Krieg der Kriege, der alle Kämpfe beenden soll, steht Wolverine (Hugh Jackman), Storm (Halle Berry) und Rogue (Anna Paquin) gegen Phoenix (Famke Janssen) kurz bevor.