Das Leben der Brüder Edward und Alphonse Elric ändert sich schlagartig, als ihre Mutter plötzlich stirbt: Ed und Al beschließen, sie mittels der Alchemie wieder zum Leben zu erwecken. Obwohl sie sich sehr gründlich mit der Materie befasst haben, geht die Transmutation schief, und die beiden bezahlen einen hohen Preis dafür: Ed verliert ein Bein und Al seinen ganzen Körper! Ed gelingt es jedoch, die Seele seines Bruders an die Rüstung zu binden, dafür verliert er allerdings einen Arm. Jetzt müssen sie den so genannten Stein der Weisen finden, ein sehr mächtiges und magisches Objekt, mit dessen Hilfe sie ihre Gliedmaßen wiederzuerlangen hoffen. Aber schon bald werden sie erfahren, dass sie nicht die Einzigen sind, die nach diesem Stein suchen.