Was im legendären Horror- Klassiker 'Die Fliege' (1958) begann, wird im zweiten Teil gnadenlos fortgesetzt: Philippe Delambre (Brett Halsey), der Sohn des genialen Wissenschaftlers André, tritt in die Fußstapfen seines Vaters, denn auch er experimentiert mit der Transferierung von Materie - und genau das wird ihm zum Verhängnis. Während eines Selbstversuches vermischen sich seine Körperatome mit denen einer Fliege. Halb Mensch, halb Insekt beginnt für ihn ein Wettlauf gegen die Zeit, denn die grauenvolle Mutation schreitet voran und es gibt nur eine Chance sie rückgängig zu machen.